Primul val al deportărilor staliniste a avut loc în noaptea de 12 spre 13 iunie 1941. Zeci de mii de oameni din Basarabia și nordul Bucovinei au fost urcați în trenuri marfare și transportați cu forța în Siberia și Kazahstan. Această acțiune a urmărit în primul rând eliminarea vechilor elite: primari, intelectuali și membrii partidelor din România interbelică. Bărbații au fost duși în Siberia, iar familiile lor - în Kazahstan. Mulți nu au supraviețuit condițiilor dure, iar familiile lor au fost separate și tratate inuman.
În primul val, din 12-13 iunie 1941, au fost deportate aproape 22.000 de oameni din 3.470 de familii.
Listele deportaților erau întocmite cu numeroase abateri – scrise de mână, fără ștampile sau fără aviz oficial de la vreo instituție de stat. Au fost deportați cei mai activi reprezentanți ai populației locale – primari, ofițeri, polițiști, intelectuali și familiile lor.
Deplasarea cu trenul a durat până la trei săptămâni și a decurs în condiții inumane, în plină vară: fiecărui deportat îi reveneau câte 200 de grame de apă pe zi și doar peşte sărat pentru mâncare.
La fiecare oprire a trenului, în câmp erau aruncate cadavre, care, fie erau îngropate sumar, fie erau lăsate drept hrană pentru animale. Cei care ajungeau la destinație erau repartizați să muncească în întreprinderile industriei silvice, în sovhozuri și în cooperative meșteșugărești.
Capii familiilor erau trimiși în GULAG, căruia extrem de puțini au supraviețuit. Familiile le-au fost deportate în Siberia ori în stepele din nordul Kazahstanului.
Deportările au provocat destrămarea comunităților, sărăcirea satelor și instaurarea unei stări de frică și neîncredere, ceea ce a afectat profund structura socială și identitară a regiunii. Mulți ani la rând, nimeni nu avea voie să vorbească despre tot ce s-a întâmplat.
După deportările din iunie 1941, au urmat alte două valuri de deportări în masă din RSS Moldovenească.
Cel din 5-6 iulie 1949 a fost calificat drept o ofensivă economică, deoarece oamenii trimiși în Siberia erau mai mult sau mai puțin înstăriți.
Cel de-al treilea val de deportăți a avut loc pe 31 martie-1 aprilie 1951 și a vizat membrii comunităților religioase „Martorii lui Iahova” și cea a inochentiștilor.
Deși datele sovietice arătau că, în perioada 1941-1951, au fost deportate aproape 70 de mii de persoane, numărul lor a fost cu mult mai mare, afirmă istoricii din Republica Moldova.
