În cele peste trei decenii de independenţă, Republica Moldova a avut şase preşedinţi de ţară şi un preşedinte interimar. În diferite perioade, şefii statului au fost aleşi fie de popor, fie de Parlament, în funcţie de modificările făcute de deputaţi, în Constituţie. În vremuri politice tulburi, Republica Moldova a mai avut şi trei preşedinţi interimari, în urma unor crize îndelungate, generate de neînţelegerile politice din alianţele de guvernare.
Primul preşedinte al Republicii Moldova, ales de popor, a fost Mircea Snegur. El ocupat funcţia în perioada 1991 - 1996. Snegur a susţinut proclamarea Independenţei şi s-a opus referendumului unional privind păstrarea URSS. Preşedinţia lui Mircea Snegur a fost marcată şi de războiul moldo-rus din Transnistria, adoptarea Constituţiei şi de acordarea statutului de autonomie, Găgăuziei.
În 15 ianuarie 1997, Petru Lucinschi îşi începe mandatul de preşedinte ales, în urma unui scrutin din două tururi. Până în 2001, el a continuat reformele începute de predecesorul său, Mircea Snegur, la presiunea autorităţilor financiare internaționale. A fost continuat și procesul de privatizare a proprietăților de stat. În domeniul politicii externe, Lucinschi a început procesul de integrare a Republicii Moldova în Uniunea Europeană și de distanțare față de țările din Comunitatea Statelor Independente (CSI). În 5 iulie 2000, Constituţia Republicii Moldova a fost modificată în aşa fel încât preşedintele Republicii este ales de Parlament prin vot secret şi nu prin votul direct al cetăţenilor.
Pe 4 aprilie 2001 a fost ales astfel un nou preşedinte al Republicii Moldova, Vladimir Voronin, şeful Partidului Comunist. Vladimir Voronin a fost singurul care a deţinut două mandate consecutive.
Politica lui Voronin a dus, în unele perioade, la răcirea relaţiilor cu România, iar uneori şi cu Rusia.
Republica Moldova a trecut prin crize politice îndelungate. Astfel, s-au perindat la conducerea statului trei preşedinţi interimari. Toţi erau lideri ai partidelor aflate în acea perioadă la guvernare. Este vorba despre Mihai Ghimpu, Vlad Filat şi Marian Lupu. După impasul politic din 2012, preşedinte al Republicii Moldova este ales, tot de Parlament, Nicolae Timofti, neafiliat politic.
După Timofti, preşedintele Republicii Moldova a fost ales prin votul direct al cetăţenilor. În martie 2016, Curtea Constituţională a declarat neconstituţional proiectul prin care, în urmă cu 16 ani, se trecuse la alegerea şefului statului de către deputati. După această hotărâre, pe 23 decembrie 2016, socialistul Igor Dodon a fost ales al cincilea preşedinte al Republicii Moldova.
La 3 zile după ce Dodon a depus jurământul de președinte, steagul UE a fost dat jos de pe Palatul Prezidențial. De asemenea, denumirea de limba română de pe site-ul preşedinţiei a fost schimbată în limba moldovenească. Dodon s-a remarcat ca un promotor activ al politicii Moscovei în Republica Moldova.
Pe 15 noiembrie 2020, din al doilea tur de scrutin, Maia Sandu devine al şaselea preşedinte al Republicii Moldova. Pe durata mandatului său, ţara devine candidat la aderarea la Uniunea Europeană, se îmbunătăţesc relaţiile cu UE şi alte state din Occident. Pe durata mandatului său, statul a obţinut un sprijin puternic de la partenerii internaţionali, atât în domeniul investiţiilor, cât şi în menţinerea păcii, în contextul războiului din Ucraina.
