S-a născut în 14 aprilie 1861 într-o familie de preot și a devenit și  el preot la Biserica „Aleksandr Nevski” din Călăraşi-sat, în Republica  Moldova de azi. A crescut doi copii adoptivi, pe Vsevolod şi pe  Margareta.

A fost un neobosit promotor al culturii și identității românești.  Între 1903 și 1925 a fost preşedintele Congresului Eparhial, iar în 1917  a devenit singurul reprezentant al Bisericii în Sfatul Țării. În  această calitate, în 27 martie 1918, a votat pentru unirea provinciei cu  țara-mamă, România.

Ulterior a fost desemnat membru al Comitetului de unificare a bisericilor din România Mare.

După anexarea Basarabiei de către Uniunea Sovietică la 28 iunie 1940,  a rămas alături de enoriași, chiar dacă restul familiei s-a refugiat  peste Prut.

A fost foarte rapid arestat și condamnat pentru activitate  contrarevoluționară și dușmănoasă față de Uniunea Sovietică. Întrebat de  anchetator, Părintele Alexandru Baltagă a spus: „Da, recunosc. Eu,  Baltaga, într-adevăr am fost adversar al revoluţiei şi, pentru a o  evita, am votat unirea”.

La o altă întrebare specifică a anchetatorului, părintele a răspuns:  „Preoţimea a avut un rol important în dezlipirea Basarabiei de la Rusia  Sovietică şi alipirea ei la România. Toată activitatea mea ulterioară a  fost îndreptată pentru consolidarea poziţiei României în Basarabia, fapt  care-l recunosc”.

A fost deportat la Kazan, Tatarstanul de azi, unde a decedat curând, în data de 7 august 1941.

La arestarea lui au fost confiscate 11 ordine și medalii oferite de autoritățile de stat și bisericești de-a lungul timpului.

Sinodul Mitropoliei Basarabiei a anunțat de curând că Preotul Mărturisitor Alexandru Baltagă va fi canonizat în 2025.