Istoria bisericii se leagă de începuturile vechi ale comunității. Pe același loc au existat mai multe lăcașuri de cult de-a lungul secolelor. Prima biserică din localitate este atestată încă din anul 1635, iar în 1770 spătarul Ioan Sturza, proprietarul moșiei Crăsnășeni, a ridicat o altă biserică. După mai multe transformări și degradări ale vechilor construcții, în anul 1891 au început lucrările la actualul lăcaș, ridicat prin contribuția întregii comunități, din lemnul pădurilor din împrejurimi.

Sfințită la 31 ianuarie 1893, biserica "Nașterea Maicii Domnului" impresionează prin arhitectura sa din lemn, construită în formă de cruce, cu pridvor, pronaos, naos și altar. Un element distinctiv îl reprezintă ferestrele din sticlă colorată ale cupolei, prin care lumina creează un joc spectaculos de culori ce se așterne peste icoane și pereți.

„Culorile care pătrund în biserică simbolizează cerul și stelele, iar în centrul cupolei este reprezentat Mântuitorul Hristos Pantocrator”, explică slujitorii lăcașului.

Printre cele mai valoroase obiecte de cult se află icoana Maicii Domnului „Tânguirea”, păstrată în biserică și considerată o piesă unică în țară. Puțin cunoscută mult timp, icoana are o istorie aparte. Ea a ajuns la Crăsnășeni din părțile Podoliei, din localitatea Cetvertinovca, fiind adusă de familii strămutate la începutul secolului al XX-lea.

Deși biserica a trecut prin perioade dificile, inclusiv închiderea de către autorități în anul 1944, iar localitatea s-a aflat pe linia frontului în timpul celui de-al Doilea Război Mondial, icoana și lăcașul au rezistat timpului. Biserica și-a redeschis ușile în anul 1989, când a primit și podoaba picturilor interioare care se păstrează până astăzi.

În interior se mai află și două icoane realizate de monahul Irineu Protcenco, unul dintre pictorii bisericești importanți ai Basarabiei interbelice: icoana „Nașterea Domnului" și icoana Maicii Domnului „Tânguirea".