Vasta operaţiune de represalii a fost desfăşurată în noaptea de 12 spre 13 iunie 1941, când peste 13 000 de români, au fost ridicaţi din casele lor şi deportaţi în regiunile menţionate.

Drept urmare a emigrărilor, deportărilor şi asasinatelor, populaţia românească a regiunii Cernăuţi a scăzut cu 75 000 de persoane între recensământul românesc din 1930 şi primul recensământ Sovietic în 1959.

Istoricul Mihai Aurelian Căruntu din Suceava scrie în volumul său „Bucovina în al Doilea Război Mondial” că românii constituiau populaţia băştinaşă şi formau majoritatea absolută a populaţiei. URSS a revendicat aceste teritorii sub pretextul că ar fi locuite majoritar de ucraineni.

În urma acestor evenimente şi a ocupării de către autorităţile sovietice a Basarabiei, nordului Bucovinei şi a ţinutului Herţa, populaţia românească din aceste regiuni a fost supusă unui regim de represiune şi deportări. Politica opresivă impusă de sovietici a determinat un adevărat proces migraţionist şi transferuri masive de populaţie. 

Începând din martie 1944, Armata Roşie ocupă din nou nordul Bucovinei şi Basarabia, fiind instituit din nou regimul de teroare şi represiune la adresa populaţiei de aici.

Foametea din anii 1946-1947, care a venit după reocuparea Basarabiei, a fost generată de un complex de factori, dar a fost determinată în principal de golirea tuturor gospodăriilor şi hambarelor de produsele alimentare şi grâne ale populaţiei de către autorităţile sovietice. Vara anului 1946 fusese deosebit de secetoasă, după ce câţiva ani la rând plouase puţin, iar o mare parte a recoltei a fost compromisă şi în Republica Sovietică Socialistă Moldovenească. Procesul de colectare a cotelor de cereale de la populaţie s-a desfăşurat anevoios, iar cei care s-au opus au fost judecaţi şi deportaţi.

Colectările obligatorii erau dirijate de organele de partid şi de stat din unităţile administrative teritoriale. Conducerea de partid din Bălţi constata, în prima decadă a lunii iunie 1946, că în toate raioanele foarte multă lume nu avea niciun fel de alimente, hrănindu-se cu borhot şi lobodă, iar mulţi copii rămaşi fără părinţi cerşeau şi se hrăneau cu buruieni. Numeroase familii îşi părăseau gospodăriile, căutând să-şi salveze viaţa oricât de departe de locurile natale.

În anii 1946-1947, doar în RSS Moldovenească au murit de foame aproximativ 200 000 de oameni, istoricii care au studiat fenomenul susţin că de fapt realitatea pare să fi fost mult mai crudă.

Deşi situaţia era cunoscută atât de conducerea centrală de la Chişinău, cât şi de către puterea politică de la Moscova, nu au fost luate măsuri concrete pentru sprijinirea populaţiei. O delegaţie sovietică condusă de Alexei Kosîghin a fost trimisă la Chişinău, la începutul lunii februarie 1947, pentru evaluarea situaţiei şi adoptarea unui set de măsuri care să reducă efectele foametei. Împărţirea cotelor de alimente către populaţie s-a făcut în mod defectuos de către conducerea administrativă a RSS Moldoveneşti. Situaţia gravă în care s-a aflat populaţia a determinat apariţia a numeroase cazuri de canibalism şi a unui număr de aproximativ 70 000 de distrofici, la 25 martie 1947, conform Ministerului ocrotirii sănătăţii al URSS. Există opinii susţinute de istoricii români care împărtăşesc ipoteza unei foamete planificate ca politică de stat de către Stalin, un astfel de plan fiind aplicat şi în Ucraina în timpul Holodomorului (1930-1933). Efectele foametei din RSS Moldovenească s-au văzut şi în anii 1948-1949, prin numărul mare de bolnavi de distrofie şi chiar decese. 

Un nou val de deportări din Basarabia are loc în 1949. Operaţiunea de deportare de la 6 iulie 1949, cunoscută şi sub denumirea conspirativă de Operaţiunea ''Iug'' (''Sud'') s-a înfăptuit în conformitate cu decizia Biroului Politic al CC al PCUS din 6 aprilie 1949 ''Cu privire la deportarea de pe teritoriul RSS Moldoveneşti a chiaburilor, foştilor moşieri, marilor comercianţi, complicilor ocupanţilor germani, persoanelor care au colaborat cu organele de poliţie germane şi române, a membrilor partidelor şi organizaţiilor profasciste, a membrilor sectelor ilegale, a gardiştilor albi, cât şi a familiilor tuturor categoriilor enumerate mai sus''. Hotărârea a vizat deportarea a 11 280 de familii (35 796 de persoane) în RSS Kazahstan. Acestora le-a fost aplicat şi efectul decretului prezidiului Sovietului Suprem al URSS din 26 noiembrie 1948, care stipula că deportarea acestora se realizează pe veci, fără dreptul de întoarcere în locurile natale. În perioada iulie 1949-9 iunie 1952 au mai fost deportate după familiile lor în aşezările speciale din Siberia, alte 573 de persoane. La 1 aprilie 1951 s-a desfăşurat operaţiunea având denumirea cifrată ''Sever'' (''Nord''), în cadrul căreia au fost arestate şi deportate în Siberia 723 de familii (2 617 de persoane), care au ajuns la destinaţie la 13 şi 14 aprilie 1951.

Eliberarea masivă a deportaţilor din aşezările speciale a început după moartea lui Iosif V. Stalin (5 martie 1953). În perioada 1 ianuarie 1954-31 octombrie 1956, din aşezările speciale au fost eliberate 3 300 de familii. Până la 1 august 1961 au fost eliberate 1 902 familii de deportaţi din RSS Moldovenească, 5 747 de familii neavând însă dreptul să se stabilească pe teritoriul RSSM.

La 1 aprilie 2011, la 70 de ani de la tragicul eveniment, a avut loc ceremonia de sfinţire a unei troiţe închinate memoriei victimelor masacrului de la Fântâna Albă, în incinta Mănăstirii Putna.

La 27 martie 2014, la Institutul Cultural Român, a fost proiectat documentarul "Masacrul de la Fântâna Albă — 1 aprilie 1941", semnat de Lucia Hossu Longin.

O relatare a evenimentelor a fost făcută de unul dintre puţinii supravieţuitori, profesorul Gheorghe Mihailiuc (1925-2005), în cartea sa "Dincolo de cuvintele rostite", publicată în 2004, la editura Vivacitas din Hliboca. Acesta descrie ce s-a întâmplat la Fântâna Albă pe 1 aprilie 1941 ca pe un "masacru", un "genocid" şi un "măcel".