Semnarea Protocolului va contribui la îndeplinirea responsabilităţilor/cerinţelor în domeniul managementului traficului aerian, stabilite în „Acordul privind spaţiul aerian comun între Uniunea Europeană şi statele sale membre şi Republica Moldova”.
 
Conform documentului, părţile vor coopera în vederea extinderii Cerului Unic European la Republica Moldova, pentru a îmbunătăţi standardele actuale de siguranţă şi eficienţă globală a operaţiunilor de trafic aerian general în Europa, pentru a optimiza capacităţile de control a traficului aerian, pentru a reduce la minimum întârzierile şi pentru a creşte eficienţa de mediu, precum şi în scopul îmbunătăţirii performanţei şi al creării sinergiei.
 
De asemenea, instituţiile ROMATSA şi MOLDATSA vor colabora şi la capitolul iniţiative operaţionale relevante în domeniul serviciilor de navigaţie aeriană, al spaţiului aerian şi al interoperabilităţii ce rezultă din Cerul Unic European. Protocolul de colaborare mai prevede menţinerea unui nivel înalt de siguranţă şi contribuirea la performanţele globale ale sistemului de transport aerian şi la un impact redus asupra mediului.