Chiar dacă regimul comunist din România l-a persecutat, Pan Halippa a fost mereu cu gândul la Basarabia, partea de pământ românesc rămasă sub ocupaţie străină.

Pantelimon Halippa a dat dovadă de o imensă maturitate politică atunci când, fiind în fruntea celei mai numeroase formaţiuni din Sfatul Ţării, Partidul Naţional Moldovenesc, a cedat funcţia de preşedinte la care pretindea în favoarea socialistului Ion Inculeţ, doar pentru ca să poată atrage majoritatea deputaţilor să voteze unirea cu patria mamă.

După anexarea Basarabiei de către URSS, fiecare zi din viaţa lui Pah Halippa a fost o zi de istorie despre acest teritoriu românesc. Marele politician nu a coborât capul nici atunci când regimul de ocupaţie sovietică l-a dus în lagăre de muncă.

În anul 1950, a fost arestat şi închis, fără a fi judecat, la Sighetu Marmaţiei, după doi ani fiind predat NKVD-ului, dus la Chişinău, judecat şi condamnat la 25 de ani de muncă forţată în Siberia. A fost mutat la închisoarea de la Aiud, unde a fost reţinut până în 1957. A murit la 30 aprilie 1979, la vârsta de 95 de ani, în Bucureşti şi a fost înmormântat în cavoul familiei din cimitirul Mănăstirii Cernica de lângă Bucureşti. Exclus în 1948 din rândurile academicienilor români, Pan Halippa a fost repus în drepturi abia în anul 1990.